Les croisés, qui fondèrent le royaume latin de Jérusalem en 1099, ne parvinrent pas, dans un premier temps, à venir à bout des fortifications de Saint-Jean-d'Acre. Le 26 mai 1104, après plusieurs mois d'un siège difficile, et grâce à l'aide de la flotte génoise, la ville se rendit et fut remise au roi Baudouin Ier. Conscients de l'importance de la ville et de son port pour la sécurité de leur royaume, les croisés entreprirent immédiatement de construire un système perfectionné de fortifications constitué par des murailles et des tours d'un style entièrement inédit.

Ces fortifications furent érigées le long de la mer, à l'ouest et au sud de la ville, alors qu'à l'est et au nord, un rempart (probablement une double muraille) flanqué d'un large et profond fossé séparait la ville de l'arrière-pays. Le port fut également reconstruit et, d'après des sources littéraires et des cartes, comportait une partie extérieure et une partie intérieure, cette dernière étant aujourd'hui envasée. Une nouvelle digue, protégée par une tour, fut dressée à son extrémité ; c'est ce qu'on appelle aujourd'hui la Tour des mouches.

Les fortifications de Saint-Jean-d'Acre, dans lesquelles les croisés placèrent leur confiance, furent prises relativement aisément par les musulmans. Peu après leur victoire à la bataille des Cornes de Hattin, le 9 juillet 1187, la ville se rendit à Salah-al-Din (Saladin), et ses habitants chrétiens en furent chassés.

Les croisés revinrent assiéger Saint-Jean-d'Acre en 1188, mais ne parvinrent pas à forcer les massives fortifications qu'ils avaient eux-mêmes érigées. Le 12 juillet 1191, les musulmans capitulèrent cependant devant le roi d'Angleterre, Richard Cur de Lion, et le roi de France, Philippe-Auguste (les chefs de la troisième croisade). Au cours des cent années suivantes, les croisés administrèrent Saint-Jean-d'Acre. Jérusalem demeura (pour une brève période) sous domination musulmane, ce qui accrut considérablement l'importance de Saint-Jean-d'Acre devenue, durant le XIIIe siècle, la capitale politique et administrative du royaume latin. Bastion des croisés en Terre sainte, la puissante forteresse de Saint-Jean-d'Acre se trouvait en permanence sous la menace des musulmans. Son port assurait la liaison entre le royaume des croisés et l'Europe chrétienne ainsi que le transbordement vers l'Occident des marchandises de valeur en provenance de l'Orient.

Le palais (castrum) des rois croisés, situé dans la partie nord de la ville, était entouré de puissantes fortifications. Des quartiers commerçants, désignés sous le nom de communes, furent créés à proximité du port par les villes maritimes italiennes de Venise, Pise et Gênes. Chaque quartier possédait une place de marché, avec ses entrepôts et ses échoppes, ainsi que des demeures pour les familles des marchands. En outre, les différents ordres militaires - les Hospitaliers, les Templiers, etc. - chargés de la défense du royaume latin, disposaient de centres d'hébergement. Dans toute la ville, nombre d'édifices publics comme des églises et des hospices, furent construits.

Au début du XIIIe siècle, un nouveau quartier résidentiel, appelé Montmusard, fut créé au nord de la ville. Il était entouré de ses propres remparts (probablement aussi une double muraille). Au milieu du siècle, parrainée par Louis IX de France, Saint-Jean-d'Acre s'étendit et gagna en prospérité. Dotée d'une population d'environ 40 000 habitants, c'était la ville la plus importante du royaume des croisés.

La dernière bataille que se livrèrent les croisés et les musulmans pour le contrôle de Saint-Jean-d'Acre commença en 1290. Après un long siège imposé par les Mamelouks sous la direction de al-Ashraf Khalil, une partie de la muraille nord céda ; la ville fut conquise le 18 mai 1291. Cette date marque la fin de la présence des croisés en Terre sainte.

Les constructions de la période croisée, notamment les remparts de la ville, furent partiellement ou totalement ensevelies sous les édifices des XVIIIe et XIXe siècles, la cité faisant alors partie de l'empire ottoman.

D'importants vestiges de la période des croisés furent découverts pour la première fois à Saint-Jean-d'Acre pendant les années 1950 et 1960, lorsque des ensembles de constructions, situés au-dessous du niveau du sol et presque intégralement conservés, furent en partie dégagés des débris. Au cours des années 1990, dans le cadre du plan d'urbanisme, des fouilles furent entreprises aussi bien à l'extérieur qu'à l'intérieur des remparts de la Vieille Ville d'aujourd'hui, mettant à jour de fascinants vestiges de l'histoire médiévale de Saint-Jean-d'Acre, connus auparavant principalement par les récits des pèlerins.

L'enceinte des Hospitaliers

Les vestiges souterrains les plus importants de la Saint-Jean-d'Acre des croisés sont situés dans la partie nord de l'actuelle Vieille Ville. Il s'agit du quartier général de l'ordre des Hospitaliers (les chevaliers de Saint-Jean), un ensemble important d'une superficie d'environ 4 500 mètres carrés, comprenant de vastes salles et de nombreuses pièces s'ordonnant autour d'une vaste cour centrale à ciel ouvert. Les murs épais étaient construits en kurkar (grès local) soigneusement taillé et le complexe était protégé par des tours d'angle. Lorsque Ahmed al-Jazzar, le gouverneur ottoman de Saint-Jean-d'Acre, décida de bâtir une citadelle et un palais à cet endroit, il combla de terre l'édifice des Hospitaliers.

Ces dernières années, la terre remplissant l'édifice des Hospitaliers sur une épaisseur de trois à quatre mètres a été déblayée, révélant la cour centrale, d'une superficie de 1 200 mètres carrés. Les murs de cette cour sont percés de larges ouvertures conduisant aux vastes salles et pièces qui l'entourent. Des voûtes de style gothique, jaillissant d'épais pilastres encastrés dans les murs, soutiennent l'étage supérieur. Sur le côté est de la cour, un escalier de 4,5 mètres de large, soutenu par des voûtes, donne accès au deuxième étage. Un important système d'évacuation entraînait les eaux de pluies tombées dans la cour jusqu'à l'égout principal. Dans l'angle sud-ouest de la cour, un puits en pierre assurait l'approvisionnement en eau des habitants.

Au sud de la cour, se trouve une vaste salle appelée à tort de crypte de Saint-Jean. C'est une pièce rectangulaire, de style gothique, de 30 mètres sur 15, haute de 10 mètres, au plafond en voûte d'arête reposant sur trois piliers centraux de trois mètres de diamètre chacun. Les cheminées indiquent qu'elle servait de cuisine et de réfectoire. Aux deux angles de la salle, des fleurs de lys (l'emblème de la famille royale française) sont sculptées dans la pierre.

Plus au sud, se dresse un ensemble de constructions connu sous le nom de al-Bosta. Il se compose d'une vaste pièce avec plusieurs piliers épais soutenant un plafond en ogive. Ce bâtiment souterrain correspond en fait à la crypte de Saint-Jean au-dessus de laquelle fut construite l'église, mise à jour partiellement ainsi que ses décorations durant les fouilles.

Au nord de la cour centrale, s'alignent parallèlement plusieurs longues salles voûtées souterraines de dix mètres de plafond, appelées Salles des chevaliers. D'un côté, des portes ouvrent sur la cour ; de l'autre, des fenêtres et une porte donnent sur l'une des rues principales de la ville des croisés. C'était les quartiers d'habitation des membres de l'ordre des Hospitaliers.

A l'est de la cour, la grande salle des colonnes s'étendant sur 45 mètres de long et 30 mètres de large et servant d'hôpital, a été mise à jour. Son plafond de 8 mètres de haut est soutenu par trois rangs de cinq piliers à section carrée. Au-dessus de cette salle, se dressaient probablement les quatre étages du palais des croisés figurant sur des dessins de l'époque.

La plupart des bâtiments du côté ouest de la cour n'ont pas encore été mis à jour. On a retrouvé de nombreux chapiteaux décorés, caractéristiques du style architectural recherché de cette aile. Dans la partie nord, à chacun des deux étages, des toilettes comprenant 30 cabinets étaient reliées par un système de canalisations à l'égout principal de la ville.

Un système d'égouts souterrain très élaboré a été retrouvé sous les bâtiments des Hospitaliers. D'un mètre de diamètre, et d'une hauteur de 1,8 mètre, il permettait d'évacuer, sur un parcours nord-sud, les eaux de pluies et les eaux usées jusqu'à l'égout municipal.

Les rues

Certaines rues de l'époque des croisés ont été partiellement mises à jour : dans le quartier génois, au centre de l'actuelle Vieille Ville de Saint-Jean-d'Acre, on a découvert un tronçon de 40 mètres de long d'une rue couverte, d'orientation est-ouest et de 5 mètres de large. Elle était bordée par des bâtiments dotés de cours ainsi que de pièces donnant sur la rue qui servaient de boutiques. Dans le quartier des templiers, situé dans la partie sud-ouest de la ville, une autre portion de la rue principale conduisant au port, a également été mise à jour. Une portion d'environ 200 mètres de cette rue bordée de plusieurs constructions des croisés ensevelies sous des édifices ottomans, a été exposée.

Les remparts de la ville des croisés

L'emplacement des remparts de la ville des croisés est bien connu grâce aux cartes de l'époque, fort détaillées, qui ont subsisté, mais on en a retrouvé bien peu de traces au cours des fouilles. Une partie des murailles est enfouie sous les fortifications ottomanes ; d'autres ont été endommagées lors de la construction des quartiers modernes.

Près de l'angle nord-est des fortifications ottomanes, une portion du rempart des croisés, longue de 60 mètres, a été retrouvée ; construit en grès local, son épaisseur est de trois mètres.

Non loin, vers l'est, l'angle d'une tour bâtie en grandes pierres de grès a été partiellement préservé jusqu'à une hauteur de six mètres. La façade de la tour donnait sur un profond fossé de 13 mètres de large, et était protégée de l'autre côté, par un mur en contrescarpe. Cette portion de murailles fait partie des fortifications extérieures du nord, construites au XIIIe siècle pour protéger le quartier de Montmusard, nouveau à l'époque. C'est probablement la tour vénitienne figurant sur les cartes de l'époque des croisés. Sur le littoral, à quelque 750 mètres au nord de la Vieille Ville, on trouve les vestiges des fondements d'une tour circulaire se prolongeant vers l'est par une muraille et recouverte aujourd'hui par la mer. Pour les chercheurs, il s'agit de la tour d'angle circulaire qui se dressait à l'extrémité ouest des remparts entourant le quartier de Montmusard.